Prosba o pomoc z programem typu command line - dla zaawansowanych informatykow

Od razu musze uprzedzic, ze jestem bardzo poczatkujacym uzytkownikiem tego typu programow. Potrzebuje skorzystac z tego programu: http://dawgpaws.sourceforge.net/man/fasta_shorten.html Co zrobilam: -sciagnelam program dawgpaws - otworzylam terminal (czy jak to sie nazywa) poprzez wpisanie cmd w start - potem przeszlam do katalogu w ktorym znajduje sie skrypt fasta_shorten.pl -skopiowalam plik "nazwapliku.fasta" -wpisalam w wiersz polecenia: "fasta_shorten.pl -i nazwapliku.fasta -o dawgpaws" I, nie wiem dlaczego plik "fasta_shorten.pl" probuje sie otworzyc, zamiast dzialac, czyli: "Change headers in a fasta file to give shorter names" Czy ktos w ogole rozumie o co mi chodzi?..

podbijam temat bo bardzo tego potrzebuje i koryguje jeden blad, mialo tam byc: -skopiowalam plik "nazwapliku.fasta" do katalogu biezacego

Required Arguments -i, --indir # Directory of fasta files to process -o, --outdir # Path to the base output directory parametry odnosza sie do folderow, a nie plikow

pan kutaszajec, faktycznie, przeczytalam of jako or i myslalam, ze mam do wyboru nazwe pliku albo katalogu. Ale mimo, ze to poprawilam, dalej probuje sie otworzyc plik fasta_shorten.pl. Ten plik/program znajduje sie w folderze "scripts", a folder scripts znajduje sie w katalogu glownym "dawpags". Jak wpisuje comende w katalogu dawpags to pojawia sie sie informacja, ze "fasta_shorten.pl is not recognized as an internal or external command, operable program or batch file", a jak przejde do katalogu scripts i wpisze komende to fasta_shorten.pl probuje sie otworzyc. Nie rozumiem co robie zle..

spakuj glowny folder ze wszystkimi plikami i zachowana struktura katalogow i wyslij na megaupload czy co innego, zobacze jak to wyglada.

Dzieki wielkie! http://www.megaupload.com/?d=JN4JS93C Wrzucilam, plik fasta do katalogu glownego.

nie przeczytalem dokladnie od poczatku tematu ;) generalnie pl to skrypty perla, wiec musisz miec interpreter, skonfigurowac itd tu masz wszystko opisane, jak to zrobic pod windowsem http://dawgpaws.sourceforge.net/man.html a tak z ciekawosci, do czego Ci to potrzebne?

plik fasta wyglada tak: ">nazwasekwecji+sekwencja(DNA lub aminokwasu)". Ja potrzebuje zmienic nazwe sekwecji aminokwasowych, bo sa za dlugie i jak rysuje drzewko filogenetyczne, to wszystkie sekwencje maja te sama nazwe (bo ucina koncowke) i nie wiem ktora jest ktora, a jest ich wszystkich 600. Niestety, nie jestem nawet w 1% informatykiem i nie wiem co to jest interpreter, a tym bardziej nic nie skonfiguruje. W kazdym razie dziekuje, za pomoc. Poszukam jakiegos innego sposobu.

czyli chcesz skrocic o dany ciag znakow, tak? dobrze zrozumialem?

Nie, musze je przenumerowac calkowiecie (np. od 1 do 600), bo program do generowania drzewek ucina mi nazwe do 10 znakow i wszystkie sekwencje maja potem taka sama nazwe. Wiesz jak to zrobic? Wiem tylko, ze mozna to zrobic comenda grep (mam dostep to serwera uczelni), ale nie wiem jak. Nawet mysle o studiowaniu informatyki, bo ostatnio bardzo jest mi potrzebna ;)

pewnie wiem bo operacje tego typu sa raczej proste, a grep sluzy do wyszukiwania ciagu znakow (i nie musisz miec nawet dostepu do serwera uczelni, mozesz linuxa odpalic pod winda :P), ktory pozniej mozna zmienic. W zasadzie takie dzialania mozna tez pod windowsem zrobic, ale musialabys mi pokazac przyklad jak to dokladnie ma wygladac.

ok, juz pisze :) przyklad pierwszej sekwencji z pliku fasta ktory Ci wyslalam: >JCVI_PEP_1105111517607 /read_id=JCVI_READ_1093017671473 /begin=101 /end=1073 /orientation=-1 /5_prime_stop=0 /3_prime_stop=TAA /orf_id=JCVI_ORF_1105111517606 /ttable=11 /length=324 /ergatis_id=7720 /sample_id=JCVI_SMPL_1103283000024 /sample_name=GS018 /number_of_sites=1 /site_id_1=JCVI_SITE_GS018 /location_1="Rosario Bank" /region_1="Caribbean Sea" /country_1=Honduras /site_depth_1="1.7 m" /annual_chlorophyll_density_1="0.09+/-0.01 mg/M3" /chlorophyll_density_1="0.14 mg/M3" /salinity_1="35.4 ppt" /temperature_1="27.4 C" /water_depth_1="4470 m" /ip_notice="This genetic information downloaded from http://camera.calit2.net may be considered to be part of the genetic patrimony of Honduras, the country from which the sample was obtained. Users of this information agree to: (1) acknowledge Honduras as the country of origin in any publications where the genetic information is presented and (2) contact the CBD focal point identified on the CBD website (http://www.biodiv.org/doc/info-centre.shtml) if they intend to use the genetic information for commercial purposes." /core_cluster_id=CAM_CRCL_23190 /final_cluster_id=CAM_CL_751 AWNFTGTGGNNDTKVLHQFSKINGDGDIQLIVSTSLASGATGSYNVDYVKETTAAVRGDFEDRVGNATVDQLNIPEVNLE LRSLPIVAKTRKLKAVWSPELAQDLNAYHSVDAEAELTSMLSDYISMEIDLEILDMLISDAQTVDFWSAKSGEDYDAASE SFVTTTFYGTRFEWYQTLVAKIQKVSNEIHRLTLRGGANFVVVGPKIATILESIPGYMSNPGDGDAVQAQFSMGVSRVGQ AAGRYTIYKNPYMSENQILVGFRGSNFLETGAVYSPYVPLITTPLVYDPSDFTPRKGVMTRYAKKMIRPEFYGLVKCKSL DLL A powinno wygladac tak: >1 AWNFTGTGGNNDTKVLHQFSKINGDGDIQLIVSTSLASGATGSYNVDYVKETTAAVRGDFEDRVGNATVDQLNIPEVNLE LRSLPIVAKTRKLKAVWSPELAQDLNAYHSVDAEAELTSMLSDYISMEIDLEILDMLISDAQTVDFWSAKSGEDYDAASE SFVTTTFYGTRFEWYQTLVAKIQKVSNEIHRLTLRGGANFVVVGPKIATILESIPGYMSNPGDGDAVQAQFSMGVSRVGQ AAGRYTIYKNPYMSENQILVGFRGSNFLETGAVYSPYVPLITTPLVYDPSDFTPRKGVMTRYAKKMIRPEFYGLVKCKSL DLL czyli tzw. FASTA format: ">" ten znaczek na poczatku, potem nazwa czyli 1, 2, 3 itd, potem enter i sekencja czli duze literki AWNFT itd. Serio to jest proste? :D no chyba, ze zrobie wszystkie po kolei recznie

chwila, juz patrze ;) a co w zamian dostane? :P

ha ha. juz dostales - dowiedziales sie co to jest plik typu fasta :P

ooo nein, to za malo jak na tak skomplikowane operacje

cyckow nie pokaze ;):P

a jednego? :P

ha ha :D nie wymysl cos innego :P

nie ukrywam, ze na tym najbardziej mi zalezalo :P ale moze byc brzuszek

no niestety ciala modelki nie posiadam ;) ide na miasto zjesc sniadanie, bo jeszcze nie jadlam :P wrocmy do negocjacji pozniej! PS. jestem pod wrazeniem, ze nikt sie jeszcze nie podszyl? co jest?? martwie sie :D

smacznego, ide i ja szamac bo jestem jedynym prawdziwym podszywaczem i leszczyki sie boja, wiedza ze bylaby surowa vendetta ps. cialo modelki nie jest wymagane, a nawet lepiej jak jest tu i owdzie ;)

zmienilam nazwy recznie bo potrzebowalam tego ASAP. pan kutaszajec dzieki za odzew w kazdym razie

you're welcome ;)

Jak masz mało plików to zmiany wprowadzane ręcznie nie zajmują za dużo czasu, ale jak masz masę danych to najprościej poszukać czegoś do konwertowania. Pełnego tego nawet w necie, np: http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/readseq.html http://www.bioinformatics.org/JaMBW/1/2/ http://www.dnabaser.com/download/GBK-converter/index.html

pod warunkiem, ze potrafi jak grep albo sed wybrac linie np zaczynajaca sie od xxx dalej losowy ciag znakow i calosc zamienic na nnn z ponumerowaniem ;)

Problem polega na tym, że usiłuje w Windowsie robić to co w Linuksie zajmuje sekundę. Ale kto co lubi.

no nie kto co lubi, tylko kto co umie. Ja nie umiem oblugiwac linuxa, nauczylam sie kilku komend, ale nie mam wyksztalcenia informatycznego ale jest ok, zrobilam to recznie (600 sekwencji zajelo mi jakies 1.5-2 godziny) i na razie nie potrzebuje tego wiecej

no to teraz zaplata za checi, dawaj szybko :P

hehe nie ma mowy o zadnej zaplacie :D:P PS. a te stronki do konwertowania formatow sa fajne, tylko, ze ja nie chce przekonwertowac formatu fasta, a jedynie zmienic nazwe w kazdej linii

a to dlaczego? byla diagnoza przypadku, a za to tez sie placi :P dawaj migiem, nie ociagaj sie :P